역사상 신약교회는 하나님의 아들 예수 그리스도로 말미암아 구원받고 침례를 받은 성도들로 구성된다. 그들은 수많은 희생과 위험을 무릅쓰며 그리스도인의 자유를 고수하고, 교회의 머리이신 그리스도의 주권 아래서 자치할 지역 개교회의 권리를 보존하고, 교권적인 신조나 교리의 억압을 배제하며 자발적인 친교와 협동을 지속해 왔다. 세계베뢰아교회연맹은 베뢰아신학을 기본 기조로 삼는 교회들이 신약교회의 진정한 이상을 바라보고 이를 전국적으로 그리고 더 나아가 세계적으로 실현하기 위해 연합과 동역이 필요함을 느끼고 1987년 11월 9-10일 대한민국 서울에서 각 개교회의 대의원들이 모여 창립한 기독교 한국 침례교회 총회이다.
교단의 정신과 이상
교단 설립의 정신 우리는 예수 그리스도의 교회를 세우기 위하여 그의 제자들에게 직접 가르치시고 분부하신 모든 말씀을 성령의 감동을 받아 순종하여 실천하고, 또한 사도행전 17: 11~12에 보여 준 베뢰아 사람들의 정신을 본받아 겸손한 마음으로 하나님의 말씀을 배우며 목회와 교회성장을 위하여 부흥운동을 자유롭게 하는 개교회 중심인 신약교회를 세운다.
신약교회의 이상과 주장 1. 교회의 창설자이시고 머리이신 예수 그리스도는 교회의 유일한 입법자이시다. 2. 교회의 신앙과 행습에 대한 유일하고 권위있는 규범은 성경이다. 3. 교회는 하나님의 말씀과 성령으로 중생하고 침례 받은 성도들로 구성된다. 4. 교회는 예수 그리스도의 명령에 순종하여 침례와 성찬을 행한다. 5. 교회의 두 직분은 목사와 집사이다. 6. 교회의 정체는 회중정체이며 성령의 인도를 받는다. 7. 교회는 각각 자치적이라는 의미에서 독립교회이다. 8. 교회는 행정적으로나 복음전도 사업에서 협동한다. 9. 교회와 국가는 분리되어 있다. 10. 신앙의 자유, 성서해석의 자유, 학문의 자유는 절대적이나 성령의 인도를 받는다.
세부조직 및 사역
사무국 : 사무국은 총회 본부의 행정, 인사관리와 증명서발급을 하며, 정기 연차총회와 목회자성장대회 등 총회 각종 행사를 개최하고 각 교회의 협력 사업을 추진한다.
선교국 : 선교국은 교회부흥세미나 및 지역별 전도 집회를 개최하고 개척교회 후원 및 해외목회자 양성의 일을 진행하여 국내외 선교 사업을 담당한다.
교육국 : 교육국은 성경에 나타난 하나님의 의도를 교육이념으로 삼고 교단교회와 차세대를 진리로 양육하여 체험있는 주님의 증인이 되도록 신앙 교육한다. 교회학교 공과를 보급하며 여름성경학교 교사강습회 및 단기교사대학, 찬양캠프 등 교육과 강습을 통하여 교단교회 교육을 지원한다.
여성사회복지국 : 여성·사회복지국은 하나님의 부르심을 받은 목회자들의 자부심과 긍지를 살려 자신들의 달란트를 계발하여 베뢰아운동의 사명을 감당하도록 하며, 목회자 사모세미나 및 여성 세미나를 개최하고, 교회에서 목회자의 사역과 교단교회 사회복지를 활성화 한다.